虽然保证合同与主债权债务关系存在从属关系，但二者依然属于两种不同的法律关系，在诉讼救济时时效期限并不完全相同。保证合同诉讼时效是指债权人诉请保证人承担保证责任的期间制度，主债务诉讼时效是指债权人诉请债务人承担合同责任的期间制度。二者起算时间不尽相同，法律后果也不同。保证合同的诉讼时效应当是债权人要求保证人承担保证责任时开始，主债务合同的诉讼时效应当从债务人不履行或不适当履行合同时开始起算。债权人在法定期限内主张保证责任的，确定了保证人保证责任，保全了债权人担保权利，债权人在法定期限内向债务人主张权利的，引起主债务时效的中断。

《（担保法）司法解释》第36条规定：“一般保证中，主债务诉讼时效中断，保证债务诉讼时效中断；连带责任保证中，主债务诉讼时效中断，保证债务诉讼时效不中断。一般保证和连带责任保证中，主债务诉讼时效中止的，保证债务的诉讼时效同时中止。”由于保证合同诉讼时效和主债务诉讼时效起算时间不同、法律意义不同，本条规定在实务适用中存在诸多不足。

对于一般保证的诉讼时效，《（担保法）司法解释》第34条第1款规定：“一般保证的债权人在保证期间届满前对债务人提起诉讼或者申请仲裁的，从判决或者仲裁裁决生效之日起，开始计算保证合同的诉讼时效。”具体分析之，一般保证中主债务诉讼期间并不存在保证合同诉讼时效起算问题，当开始计算保证合同诉讼时效时，主债务的判决或裁决已经生效，因而“一般保证中，主债务诉讼时效中断，保证债务诉讼时效中断”的规定并没有实际意义。整体的法律适用应当是，一般保证中债权人在保证期间向债务人提起诉讼或仲裁的，确定了保证人的保证责任，保全了债权人担保权利，主债务判决或裁定生效后，开始计算保证合同诉讼时效。

对于连带责任保证，《（担保法）司法解释》第34条第2款规定：“连带责任保证的债权人在保证期间届满前要求保证人承担保证责任的，从债权人要求保证人承担保证责任之日起，开始计算保证合同的诉讼时效。”结合前述保证期间的原理，连带责任保证中，债权人在保证期间向保证人主张权利后，既确定了保证人保证责任，保全了债权人担保权利，同时开始计算保证合同的诉讼时效。连带责任保证中，保证人对主债务承担连带责任，保证人与债务人存在连带性，债权人向任何一方进行权利主张时法律效力应当及于对方，担保法中“连带责任保证中．主债务诉讼时效中断，保证债务诉讼时效不中断”的规定与保证人、债务人之间的连带关系并不相符。按目前法律进行的实务操作应当是，债权人一方面应当在法定期限内向债务人主张权利，防止主债务超过时效不受保护；另一方面应当在保证期间向保证人主张权利，确定保证责任，并遵守保证合同时效的要求，及时向保证人主张权利，防止保证合同超过时效丧失对保证人的权利。